Лаборатория системных исследований этномузыкальных культур является научным подразделением при кафедре этномузыкознания. В работе Лаборатории принимают участие сотрудники кафедры, аспиранты и студенты НГК.

Лаборатория проводит исследования, основанные на структурно-аналитических методиках: универсально-грамматическом подходе, структурно-статистическом и сравнительно-историческом методах, а также артикуляционном анализе тембров. Цель Лаборатории - системное описание как отдельных жанровых традиций в культурах Сибири и Дальнего Востока (в том числе - зарубежного), так и этнических интонационных культур в целом.

Лаборатория регулярно проводит музыкально-этнографические экспедиции. Фольклорные материалы и результаты научных исследований публикуются в изданиях НГК, СО РАН и др., становятся неотъемлемой частью новых учебных курсов в рамках педагогической деятельности кафедры этномузыкознания.

При Лаборатории действуют два научных семинара: по музыкальной семиотике и теории интонационных культур; по музыкальной этнографии.